با توجه به ابعاد بزرگ کیست اندومتریوما و افزایش سطح ca-125، احتمال بدخیم بودن کیست وجود دارد.
برای تشخیص قطعی، نیاز به بررسیهای تصویربرداری مانند اولتراسونوگرافی و مراجعه به پزشک متخصص زنانه-زایمان برای انجام بررسیهای بیشتر است.
در صورت تایید بدخیم بودن، جراحی برای از بین بردن کیست و در صورت لزوم درمان بیشتر از طریق شیمی درمانی یا رادیوتراپی صورت میگیرد.
باید با پزشک خود در مورد گزینههای درمانی و پیشآگاهیهای لازم برای حفظ امکان باروری صحبت کنید.